O final de Godzilla Minus Zero é um dos mais intensos da franquia, com uma batalha final entre Godzilla e King Ghidorah em pleno Ginza, Tóquio. O plano é atrair os dois kaijus para um mesmo local: Ghidorah é atraído por geradores de eletricidade, enquanto Godzilla é chamado por uma máquina de ressonância criada pelo biólogo Kanji Murakami, que usa o DNA de Noriko Shikishima — que foi atacada por Godzilla no primeiro filme — como gatilho.
Após a chegada dos monstros, Ghidorah domina Godzilla no início da luta. A equipe tenta aprisioná-lo com nitrogênio líquido, mas a estrutura do sistema é ameaçada. Kenji Noda, tentando consertar os dutos de combustível, é atingido por um raio de Ghidorah e preso dentro do carro. Koichi Shikishima, piloto da aeronave, dispara um míssil para atacar o monstro, mas acaba matando Noda no processo. Para proteger o piloto de um pesadelo de culpa, o meteorologista Makoto Aoyama mente dizendo que foi Ghidorah quem causou a morte.
Com a máquina de ressonância ativada novamente, Godzilla é ressuscitado e retoma o combate. Dessa vez, ele consegue vencer Ghidorah com seu raio atômico. Ainda assim, a chegada das forças militares dos EUA ameaça o monstro, mas elas recebem ordens para se retirar.
Koichi, então, ameaça Murakami com uma arma, planejando fugir com Noriko. Porém, é revelado que o cientista está do lado deles. Juntos, eles destróem o avião e a máquina de ressonância, eliminando qualquer possibilidade de controle sobre Godzilla ou uso do DNA de Noriko no futuro — um ato que encerra o ciclo de guerra e manipulação.
Godzilla retorna ao oceano, enquanto Murakami é capturado pela milícia norte-americana. Koichi e Noriko querem fugir, mas não conseguem abandonar sua filha, Akiko. No final, a família escapa juntos, formando um novo começo.
Quem morre em Godzilla Minus Zero?
O único personagem principal a morrer é Kenji Noda. Ele é esmagado por um raio de Ghidorah quando seu carro é atingido durante a batalha. A morte é acidental — causada pelo míssil disparado por Koichi —, mas o segredo é mantido por Aoyama para preservar a saúde emocional do piloto.
Nova York é atacada?
Não, Nova York não é atacada no filme. A ideia surge de um sonho de Kanji Murakami, que perdeu a família na bomba atômica de Hiroshima. Ele alimenta um desejo de vingança e imagina Godzilla atacando Nova York como forma de retribuição. No entanto, é convencido por Noda a abandonar esse plano, mostrando que a destruição não traz justiça.
Há sequência?
Embora o filme feche o ciclo de conflito entre humanos e kaijus, o final aberto — com a família fugindo juntos e o DNA de Noriko ainda presente — deixa espaço para uma possível continuação. A eliminação da tecnologia de controle pode significar que o futuro será mais imprevisível, mas também mais humano.